Hodně uživatelů iPadu Pro, kteří si k němu přikoupili i Apple Pencil, si po stáhnutí beta verze iOS 9.3 začali stěžovat na to, že Apple úmyslně omezil několik funkcí u Apple Pencil. Společnost se k tomu již vyjádřila a tvrdí, že jde o omyl a bude co nejrychleji opraven.
Domněnku, že se opravdu jedná o úmysl potvrzoval i fakt, že Apple chybu neopravil ani v dalších beta verzích. Nyní ale poskytl rozhovor serveru The Verge, kde řekl, že o problému vědí a řeší – oprava by tak měla přijít s další betou iOS.
