Apple vydal aktualizaci iOS 9.3.1 31.března 2016. Tato aktualizace řeší stávající problémy, včetně problému s webovým odkazem.
Uživatelé iPhonů a iPadů hlásili mnoho problému po instalaci iOS 9.3. Chyby jako problémy s posíláním MMS zpráv mimo iMessage, ztráta vyzvánění, nefunkčnost reproduktoru u iPhonu, problém s fotoaparátem, nebo nemožnost přijímání textových zpráv.
Nyní někteří uživatelé iOS po instalaci nejnovější verze hlásí stále přetrvávající chybu s WiFi připojením a baterie, které nebyly v iOS 9.3.1 opraveny.
