Společně s iOS 9 Apple vydal také novou aktualizaci iTunes pro OS X a Windows. Aktualizace přináší nové dvoufázové ověření pro přihlášení do iTunes Store, které je nově i v iOS 9. Také by zde měly být opraveny problémy používání Apple Music skrze funkci VoiceOver. Nová verze iTunes také přináší podporu iOS 9 a OS X El Capitan.
Aktualizaci 12.3 si můžete stáhnout pomocí Mac App Storu v záložce Software Update, nebo skrze Apple Software Update ve Windowsech.
