Jak už jsme již dříve předpokládali, iPhone 6s má skutečně nižší kapacitu baterie, než jeho předchůdce iPhone 6. I když Apple skutečnou kapacitu na konferenci přímo neuvedl, všímavější si mohli všimnout, že při jednom z videí, které na bylo na konferenci puštěno, šla na jednom ze záběrů vidět baterie.
Na baterii už bylo lehké vyčíst, že má kapacitu 1715 mAh v porovnání s iPhonem 6, který má kapacitu baterie o hodnotě 1810 mAh. Zdá se, že hlavním důvodem výběru nižší kapacity baterie byl prostor, který musel být uvolněn pro Taptic Engine, jež zajišťuje funkci 3D Touch.
Nicméně i přesto Apple na svých webových stránkách uvádí, že výdrž baterie iPhonu 6s, je stejná jako u iPhonu 6. Výdrž bude srovnatelná nejspíš díky tomu, že je zde nový úspornější čip, který si nevezme tolik energie. S iPhonem 6s tedy můžete volat více než 14 hodin na 3G. Na internetu můžete být až 10 hodin na 3G, 10 hodin na LTE a 11 hodin na Wi-Fi. Přehrávat videa v kvalitě HD můžete 11 hodin a při přehrávání audia vydrží iPhone 50 hodin. V pohotovostním režimu vydrží iPhone celých 10 dní.
Jakou kapacitu baterie má větší iPhone 6s Plus zatím nevíme. Jediné co víme je, že výdrž baterie by měla být stejná jako u iPhonu 6 Plus.