Nový Mac mini s čipem M4 Pro obsahuje tři porty Thunderbolt 5, nejnovější specifikaci Thunderbolt, která nabízí rychlosti až 120 Gb/s, což je trojnásobek maximální šířky pásma Thunderbolt 4.
Nový standard také podporuje nativní výstup DisplayPort 2.1 přes USB-C. Thunderbolt 5 je plně kompatibilní s USB4 a podporuje pokročilé protokoly, jako je PCIe 4.0, což umožňuje rychlejší přístup k datům pro úložná zařízení a periferní zařízení. Naproti tomu nový Mac mini s čipem M4 obsahuje tři porty Thunderbolt 4. Přední porty na obou modelech zahrnují dva porty USB-C, které podporují USB 3, a audio jack s podporou pro sluchátka s vysokou impedancí. Oba modely jsou také standardně dodávány s portem Ethernet.