iPhone 16e je jediný iPhone se zadním fotoaparátem s jedním objektivem, a přestože má stejný 48megapixelový širokoúhlý objektiv jako iPhone 16, postrádá několik funkcí fotoaparátu, které nabízí iPhone 16.
Fotoaparát iPhone 16e s 48megapixelovým objektivem Fusion má standardní 1x zorné pole a možnost 2x zoomu. Nemá žádný teleobjektiv, takže neexistují žádné další možnosti zoomu, ani ultra širokoúhlý fotoaparát pro širokoúhlé snímky a makro snímky. Vzhledem k tomu, že je k dispozici pouze jedna čočka, není zde také možnost zachycování prostorového obrazu a videa. Při fotografování portrétu je k dispozici možnost upravit zaostření poté, ale neexistuje možnost klepnutím změnit předmět fotografie, jako je tomu na iPhonu 16. Novější fotografické styly jsou také k dispozici pouze na iPhone 16, 16 Pro a Pro Max. K dispozici jsou však filtry staršího stylu. Chybí také několik funkcí nahrávání videa, včetně filmařského režimu, ale nová funkce Audio Mix je podporována.
