Stejně jako nyní ukončený iPhone SE nepodporuje iPhone 16e MagSafe. To znamená, že příslušenství, jako jsou pouzdra MagSafe, nabíječky, powerbanky a peněženky, nebudou se zařízením fungovat.
Žádný ze silikonových obalů pro iPhone 16e není obal MagSafe. Navzdory tomuto opomenutí iPhone 16e nadále nabízí standardní bezdrátové nabíjení Qi až do 7,5 W. Díky tomu je iPhone 16e prvním iPhonem s moderním designem, kterému chybí MagSafe. MagSafe byl představen s řadou iPhone 12 v roce 2020 jako nový ekosystém příslušenství.