Zákazníci, kteří si zakoupí nový iPhone 16e, si budou muset hned po obdržení zařízení stáhnout aktualizaci softwaru. Modely iPhone 16e budou dodávány s iOS 18.3, ale Apple vydal iOS 18.3.1 10. února.
Noví uživatelé iPhone 16e si budou muset nainstalovat aktualizaci iOS 18.3.1, aby mohli přenést data ze staršího iPhonu, na kterém již je nainstalován iOS 18.3.1. iOS 18.3.1 nepřidal žádné nové funkce, ale řeší zranitelnost softwaru, která byla podle Apple zneužita. Předobjednávky iPhonu 16e by měly začít tento pátek a zařízení bude dostupné 28. února.