Apple vydal aplikaci Beats Pill+ pro iOS a Android, přičemž pro Android je to již druhá aplikace od Applu. Aplikace slouží k ovládání a nastavení reproduktorů Beats Pill+. V aplikaci je různé upravování zvuku, včetně režimu DJ.
Aplikace se dá použít až se dvěma reproduktory a to buď přehrávání do obou reproduktorů stejnou hudbu, nebo do levého a pravého reproduktoru zvlášť. Aplikace je zdarma a zabírá 27,2 MB na iOS a 26 MB na Android.